Die Lohnsteueranmeldung muss von jedem Arbeitgeber, der Arbeitnehmer beschäftigt, innerhalb des Anmeldezeitraums beim zuständigen Finanzamt eingereicht werden (§ 41a EStG). Diese Lohnsteueranmeldung muss bis zum 10. Tag nach Ablauf des Anmeldezeitraums beim Betriebsstättenfinanzamt eingereicht werden und Informationen über die abzuführende Lohnsteuer enthalten. Die angegebene Lohnsteuer muss der Arbeitgeber an das Finanzamt der Betriebsstätte abführen. Die Lohnsteueranmeldung ist seit dem 1. 1. 2005 auf elektronischem Wege an das Finanzamt zu übermitteln. Hierfür gibt es entsprechende Vordrucke, die einmalig vom Arbeitgeber zu unterscheiben sind. Danach besitzt die elektronische Übermittlung die Gültigkeit einer Unterschrift. Von der Lohnsteueranmeldung befreit sind Arbeitgeber nur, wenn sie die Arbeitnehmer nicht mehr beschäftigen und dies dem Finanzamt mittgeteilt haben.
Grundsätzlich ist der Lohnsteueranmeldungszeitraum der Kalendermonat. Allerdings kann unter gewissen Umständen auch ein anderer Lohnsteueranmeldungszeitraum bestehen. Die entsprechenden Lohnsteueranmeldungszeiträume sind dann
einzureichen. Um die Lohnsteueranmeldung kalendervierteljährlich abgeben zu können, darf die abzuführende Lohnsteuer im vorangegangenen Kalenderjahr nicht mehr als 4 000 Euro, aber nicht weniger als 1 000 Euro betragen haben. Für eine kalenderjährliche Lohnsteueranmeldung darf die abgeführte Lohnsteuer im vorangegangenen Kalenderjahr nicht mehr als 1 000 Euro gewesen sein. Hat der Betrieb nicht während des gesamten vorangegangenen Kalenderjahres bestanden, ist die abzuführende Lohnsteuer auf einen Jahresbetrag umzurechnen. Wurde der Betrieb neu eröffnet, ist die Lohnsteuer für den ersten Kalendermonat auf einen Jahresbetrag umzurechnen.
In der Regel ist die Lohnsteueranmeldung elektronisch abzugeben (ELSTER). Die Software hierfür ist in jedem guten Lohnprogramm enthalten oder als Download auf der Internetseite des Finanzamtes verfügbar. In bestimmten Fällen, kann dem Finanzamt auf Antrag die Lohnsteueranmeldung in Papierform abgegeben werden. Ein solcher Härtefall liegt insbesondere dann vor, wenn die nötigen technischen Voraussetzungen im Betrieb nicht bestehen und auch nicht in Kürze angeschafft werden können. In diesem Fall ist die Lohnsteueranmeldung nach amtlich vorgeschriebenen Vordruck abzugeben.
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